LAPORAN PERSIAPAN DAN PEMBUATAN BAHAN BIOLOGI MOLEKULER

PERSIAPAN DAN PEMBUATAN BAHAN

Ade Puji Setyawati ¹⁾

Drh. Bhintarti  S. Hastari, M. Biomed²⁾

Festy Auliyaur Rahmah, S. Si²⁾

Nugroho Adi Maulana³⁾

Indhina Reihannisha³⁾

1)      Mahasiswa Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta

2)      Dosen Praktikum Biologi Molekuler

3)      Asisten Praktikum Biologi Molekuler

Jl. Ir. H. Djuanda, Tangerang Selatan 15412, Indonesia

Email : Adebio12@gmail.com

Jum’at, 26 September 2014

ABSTRAK

Praktikum Biologi Molekuler memerlukan bahan-bahan seperti HCl, NaOH, EDTA-Na₂ (ethylene diamine tetraacetic acid sodium salt), Trisma base, asam asetat glasial, sukrosa, SDS (Sodium dodesil sufat), NaCl, dan Plastic consumable yang selanjutnya akan dibuat larutan buffer TE dan TAE. Mahasiswa diharapkan Memahami prinsip kerja alat-alat yang digunakan dalam pembuatan bahan praktikum biologi molekuler, dapat membuat bahan yang diperlukan dan mengetahui karakteristik bahan yang digunakan dalam praktikum. TE Buffer adalah campuran antara larutan Tris-HCl dengan EDTA pada konsentrasi tertentu. TE Buffer dalam praktikum biologi molekuler berfungsi untuk menstabilkan DNA atau RNA karena pH nya dijaga sekitar 8. Sedangkan larutan buffer TAE yang berfungsi sebagai penstabil DNA atau RNA yang akan digunakan selama praktikum.

Kata kunci : Biologi molekuler,  Larutan Buffer TE, Larutan Buffer TAE

  I.            Dasar Teori

Asam hidroklorida merupakan larutan jernih, tidak berwarna dari hidrogen klorida (HCl) dalam air. Asam ini sangat korosif, merupakan asam mineral kuat yang banyak kegunaannya dalam industri. asam klorida  digunakan untuk membuat garam-garam yang disebut klorida, seperti natrium klorida (NaCl). Asam etilen diamin tetra asetat atau yang lebih dikenal dengan EDTA, merupakan salah satu jenis asam amina polikarboksilat yang seringkali digunakan sebagai titran dalam titrasi kompleksometri. 

Larutan yang agak asam, dapat terjadi protonasi parsial EDTA tanpa pematahan sempurna kompleks logam, yang menghasilkan spesies seperti CuHY^-. Ternyata bila beberapa ion logam yang ada dalam larutan tersebut maka titrasi dengan EDTA akan menunjukkan jumlah semua ion logam yang ada dalam larutan tersebut (Achmad, 1993). Soda Api yang dalam ilmu kimia disebut NaOH (natrium hidroksida) merupakan sejenis basa logam kaustik.  

Senyawa ini terbentuk dari oksida basa natrium oksida (NaOH) yang dilarutkan dalam senyawa air. Soda api atau soda kaustik, memiliki sifat senyawa alkalin dimana fungsinya semakin kuat saat dilarutkan bersama air. Sukrosa adalah gula yang kita kenal sehari-hari, baik yang berasal dari tebu maupun dari bit. Selain pada tebu dan bit, sukrosa terdapat pula pada tumbuhan lain, misalnya dalam buah nanas dan dalam wortel. Dengan hidrolisis, sukrosa akan dipecah dan menghasilkan glukosa dan fruktosa. (Marham, 2012).

  I.            Materi

            Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah neraca analitik, hotplate, pH meter lab, mikropipet, vortex, waterbath, sentrifuga, freezer. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah HCl, NaOH, EDTA-Na₂ (ethylene diamine tetraacetic acid sodium salt). Trisma base, asam asetat glasial, sukrosa, SDS (Sodium dodesil sulfat), NaCl, Plastic consumable.

Metode

Cara pembuatan 5 M NaOH, 10 ml (BM NaOH 40 g/mol). Pertama ditimbang 2 g NaOH kemudian dilarutkan dalam 6 ml akuades & tambahkan hingga 10 Simpan lalu pada tabung 15 ml pada suhu ruang. Sedangkan untuk membuat 0,5 M EDTA-Na₂, pH =8, 50 ml (BM EDTA-Na₂ : 372,24 g/ mol) Ditimbang 9,306 g EDTA dan arutkan dalam akuades 20 ml Atur pH 8 dengan NaOH 5 M setelah itu tambahkan akuades hingga 50 ml dengan labu ukur lalu dimasukan dalam 2 tabung 50 ml, masing-masing 25  ml kemudian sterilkan dengan autoklaf lalu setelah dikeluarkan dario autoklaf disimpan dalam suhu ruang.

Pembuatan 1 M Tris-HCl pH= 7,5 50 ml (BM trisma base : 121,1 g/ mol) pertama diitimbang 6,055 g trisma base yang akan diarutkan kedalam akuades 20ml yang telah diatur pH 7,5 dengan HCl dan tambahkan  akuades hingga 50 ml dengan labu ukur dan sterilkan dengan autoklaf. Cara pembuatan bahan 25 % larutan sukrosa 10 ml, terlebih dahulu kita timbang 2,5 g sukrosa yang akan dilarutkan dalam akuades 10ml Saring dengan kertas whatman no.1 setelah itu dimasukan ketabung 15ml dan sterilkan dngan autoklaf serta simpan pada suhu ruang.

Pembuatan 20 % SDS, ditimbang 2 g SDS yang akan dilarutkan kedalam  akuades 6 ml kemudian tambahkan akuades hingga 10 ml dan masukan ketabung 15ml dan simpan pada suhu ruang. Cara pembuatan 5 N NaCl 10 ml (BM NaCl : 58, 44 g/ mol) terlebih dahulu ditimbang 2,922 g NaCl lalu dilarutkan dalam akuades 6 ml yang akan ditambahkan akuades hingga 10 ml setelah itu dimasukan ketabung 15ml dan sterilkan dengan autoklaf. Dan cara pembuatan buffer TE adalah dengan  mencampurkan larutan 10 Mm Tris-HCl pH=7,5 sebanyak 0,1 ml dari volume larutan stok yang telah dibuat dengan  1 Mm EDTA  pH= 8 sebanyak 0,02 ml dari volume larutan stok  untuk mendapatkan 10 ml buffer TE.

Cara membuat larutan buffer TAE sebanyak 100 ml maka bahan yang digunakan adalah campuran dari 0,4 M Tris-HCl pH=7,5 dari 40 ml volume larutan stok lalu ditambah 0,01 M EDTA pH=8 sebanyak 2 ml dari volume larutan stok dan 0,2 M As. Asetat sebnayak 1,14 ml dari volume larutan stok.

    II.            Hasil dan Pembahasan

Praktikum kali ini kita menggunakan bahan-bahan diantaranya HCl, NaOH, EDTA-Na₂ (ethylene diamine tetraacetic acid sodium salt), Trisma base, asam asetat glasial, sukrosa, SDS (Sodium dodesil sufat), NaCl, Plastic consumable yang akan digunakan untuk membuat larutan stok. Material Safety Data Sheet (MSDS) merupakan suatu data dari bahan kimia tentang sifat fisik, kimia dan cara penanganannya serta petunjuk pertolongan pertama jika terkena paparan, tertelan, terhirup, terkena mata sehingga kita harus mengetahui karakteristik bahan-bahan yang akan digunakan dalam praktikum.

TE Buffer adalah campuran antara larutan Tris-HCl dengan EDTA pada konsentrasi tertentu. TE Buffer dalam praktikum biologi molekuler berfungsi untuk menstabilkan DNA atau RNA karena pH nya dijaga sekitar 8. Karena DNA dan RNA memiliki sifat asam lemah (DNA=asam deoksiribonukleat, RNA=asam ribonukleat), yang dalam waktu lama dapat menyebabkan degradasi DNA/RNA, sehingga dibuatlah TE Buffer tersebut.

Fungsi dari buffer pada elektroforesis adalah mengaktifkan DNA, menjaga pH dan memberikan ion untuk mendukung konduktivitas. Sementara SDS (sodium dodesil sulfat) berfungsi sebagai pendenaturasi protein untuk membuat protein tersebut berbentuk lurus dan bermuatan negatif pada proses elektroforesis gel.

a)      10 x buffer TE 10 ml

Konsentrasi stok	Konsentrasi akhir	Volume larutan stok
1M Tris-HCl pH=7,5	10 mM Tris-HCl pH=7,5	0,1 ml
0,5 M EDTA pH=8	1 mM EDTA pH=8	0,02 ml
Akuabides steril
Volume total		10 ml

b)      10 x buffer TAE 100 ml

Konsentrasi stok	Konsentrasi akhir	Volume larutan stok
1M Tris-HCl pH=7,5	0,4 M Tris-HCl pH=7,5	40 ml
0,5 M EDTA pH=8	0,01 M EDTA pH=8	2 ml
Asam asetat glasial (17,5 m)	0,2 M As. asetat	1,14 ml
Akuabides steril
Volume total		100 ml

Berdasarkan alat dan bahan yang digunakan neraca analitik digunakan untuk menimbang zat yang butuh ketelitian tinggi dan dalam skala kecil/mikro (biasanya hingga 4 desimal 0,0001 gram). Prinsip kerja dari mikropipet untuk mengambil cairan dalam jumlah mikrometer.

 Karakteristik fisika asam klorida, seperti titik didih, titik leleh, massa jenis, dan pH tergantung pada konsentrasi atau molaritas HCl dalam larutan asam tersebut. Sifat-sifat ini berkisar dari larutan dengan konsentrasi HCl mendekati 0% sampai dengan asam klorida berasap 40% HCl. NaOH berwarna putih dan sangat basa, keras, rapuh dan menunjukkan pecahan hablur, mudah larut dalam air dan dalam etanol tetapi tidak larut dalam eter.

NaOH membentuk basa kuat bila dilarutkan dalam air, NaOH murni merupakan padatan berwarna putih. Senyawa ini sangat mudah terionisasi membentuk ion natrium dan hidroksida. Sangat berbahaya pada kulit kontak (korosif, permeator), kontak mata (korosif), menelan.  Pada tahapan ekstraksi DNA, seringkali digunakan seperti ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA) yang berperan menginaktivasi enzim DNase yang dapat mendenaturasi DNA yang diisolasi, EDTA menginaktivasi enzim nuklease dengan cara mengikat ion magnesium dan kalsium yang dibutuhkan sebagai kofaktor enzim DNAse.

Asam asetat, asam etanoat atau asam cuka adalah senyawa kimia asam organik yang dikenal sebagai pemberi rasa asam danaroma dalam makanan. Asam cuka memiliki rumus empiris C₂H₄O₂. Rumus ini seringkali ditulis dalam bentuk CH₃-COOH, CH₃COOH, atau CH₃CO₂H. Asam asetat murni (disebut asam asetat glasial) adalah cairan higroskopis tak berwarna, dan memiliki titik beku 16.7°C.

Sukrosa merupakan suatu disakarida yang dibentuk dari monomer-monomernya yang berupa unit glukosa dan fruktosa, dengan rumus molekul C₁₂H₂₂O₁₁. Senyawa ini dikenal sebagai sumber nutrisi serta dibentuk oleh tumbuhan, tidak oleh organisme lain seperti hewan Penambahan sukrosa dalam media berfungsi sebagai sumber karbon.

Kesimpulan

Kesimpulan dari laporan praktikum ini adalah praktikan mampu membuat bahan-bahan seperti larutan sukrosa, larutan stok buffer TE, larutan buffer TAE yang berfungsi sebagai penstabil DNA atau RNA yang akan digunakan selama praktikum.

DAFTAR PUSTAKA

Achmad, H. 1993. Penentuan Dasar Praktikan Kimia. Depdikbud .ITB. Bandung

Choudhary, M.I. 2008. Keselamatan dan Keamanan Laboratorium Kimia. Yudsitira. Jakarta

Daisy, Ami. 1994. Nama fungsi dan cara kerja alat alat laboratorium mikrobiologi. Penerbit Kanisius. Yogyakarta

Marham, S,& Ani, S. 2012. Laboratorium Kimia Pengelolaan dan Manajemen. Graha Ilmu. Yogyakarta.